RESPONSABLE
Stéphane Alibar
stephane.alibar@ap-hm.fr
L’équipe est composée de :
Créée en 2015, la collection CSUR a pour objectif la conservation des souches bactériennes isolées dans le cadre des activités de diagnostic et du projet de recherche de l’IHU Méditerranée Infection. Elle comprend une majorité de souches bactériennes d’origine humaine, cultivées à partir de prélèvements pathologiques ou de microbiote sain, notamment des souches exigeantes, jamais isolées auparavant.
Avec une équipe de six personnes (un directeur exécutif, un directeur scientifique, un chef de projet, deux ingénieurs et un technicien de laboratoire), la collection CSUR a pour principal objectif la conservation de dix exemplaires de chaque souche bactérienne collectée.
Afin de permettre la culture d’une majorité de souches aux propriétés culturales variées, la collection CSUR dispose de zones de biosécurité de niveau 2 et 3, ainsi que de stations anaérobies et de plusieurs milieux de culture. Les génomes des nouvelles espèces sont systématiquement séquencés par la plateforme génomique de l’IHU.
La collection du CSUR rassemble une grande diversité bactérienne répartie en grands clades taxonomiques.
Parmi ces espèces, on trouve un large éventail de bactéries du microbiote digestif humain, ainsi que des pathogènes exigeants spécifiques appartenant aux genres Coxiella, Bartonella et Rickettsia.
Par ailleurs, une collection de levures et de champignons est en cours de constitution.
À ce jour, la collection du CSUR compte plus de 3 400 références réparties en 620 espèces différentes. Celles-ci comprennent 280 souches bactériennes isolées pour la première fois au laboratoire d’infections de l’IHU Méditerranée, 200 souches de Rickettsia, 600 de Bartonella et 200 de Coxiella.
Le Protocole de Nagoya sur l’accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation au regard de la Convention sur la diversité biologique, également connu sous le nom de Protocole de Nagoya sur l’accès et le partage des avantages (ABS) est un accord sur la biodiversité internationale.
Il a été adopté lors de la dixième réunion de la Conférence des Parties sur la diversité biologique des Nations Unies, le 29 octobre 2010, à Nagoya, au Japon, et mis en œuvre le 12 octobre 2014.
La collection CSUR s’inscrit dans ce protocole pour ses souches bactériennes provenant des pays signataires et possède l’accord de l’autorité pour conserver et formaliser ces souches en cas de besoin et s’y conforme strictement.
