CNR

Centre Nationale de Référence du paludisme

Le laboratoire associé au Centre national de référence du paludisme (CNR du paludisme) de l’Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA) est situé à l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée Infection sur le site de la Timone.

Pour assurer ses missions et ses activités, le laboratoire associé au CNR du paludisme est organisé autour d’un ensemble de plateaux techniques dédiés à la culture (laboratoire permettant la manipulation de micro-organismes et de prélèvements pathogènes classés NSB3), à la biologie moléculaire et aux dosages des antipaludiques (organigramme fonctionnel).

Le laboratoire possède sa propre plateforme de séquençage (Sanger, analyse de fragments, nombre de copies de gènes) et a accès à la plateforme de séquençage et à l’expertise bio-informatique de l’IHU Méditerranée Infection (WGS, NGS).

Il possède de plus une cellule entomologique qui peut être mise en œuvre lors de suspicion de paludisme autochtone métropolitain.

Présentation

1. Expertise

  • en participant au développement et en évaluant les techniques de diagnostic
  • en expertisant les souches, leur résistance aux antipaludéens et en contribuant à l’évaluation des mécanismes de résistance
  • en contribuant à des études de recherche appliquée visant à documenter le risque de paludisme chez les voyageurs et en zone d’endémie, les facteurs de risque influant la morbidité et la mortalité, l’évaluation des mesures de prévention

 

2. Conseil

  • en apportant son soutien technique aux autorités au plan national et local (notamment dans le cadre des programmes internationaux de lutte contre le paludisme dans la région des Amériques)
  • en suivant l’évolution des zones de résistance en liaison avec les réseaux d’experts internationaux notamment pour adapter les recommandations aux voyageurs

 

3. Contribution à la surveillance, en lien avec l’agence nationale de santé publique

  • en assurant la surveillance du paludisme d’importation et autochtone, par la mise en place d’un réseau de laboratoires ou de services cliniques afin de suivre les tendances évolutives du paludisme d’importation et autochtone en France métropolitaine et hors métropole (notamment en Guyane) et d’identifier les groupes à risque
  • en contribuant à l’investigation des signalements de cas de paludisme sur le territoire, en particulier par une expertise diagnostique et le typage des souches
  • en fournissant chaque année une analyse de l’épidémiologie du paludisme d’importation et autochtone apportant une information actualisée, notamment pour la mise à jour annuelle des recommandations aux voyageurs
  • en assurant la surveillance des chimiorésistances aux antipaludiques, notamment en s’appuyant sur des réseaux représentatifs en Guyane et, dans la mesure du possible, les pays frontaliers (Brésil et Surinam) afin de définir les zones de résistance pour adapter les schémas prophylactiques et thérapeutiques
  • en développant des collaborations avec les réseaux de parasitologie et de surveillance du paludisme à l’échelle nationale, européenne et internationale

 

4. Contribution à l’alerte

    • en signalant à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel concernant le paludisme d’importation et autochtone : nouvelle zone d’endémie ; augmentation inhabituelle de cas, modification des formes cliniques (répartition, modification de leur expression clinique, formes inhabituelles), apparition de cas groupés, cas autochtone en France métropolitaine, apparition de nouveaux phénotypes de résistance (notamment en Guyane), extension d’une zone de résistance, etc.

Missions

Organigramme

À Marseille

  • La validation épidémiologique et d’expertise diagnostique des isolats transmis par les correspondants de la région PACA, et des correspondants de Bordeaux, Toulouse, Montpellier, Aubenas et Lyon. Les diagnostics de paludisme sont réalisés par les laboratoires des correspondants pour assurer la prise en charge thérapeutique sans délais des patients. Nous ne sommes pas un laboratoire de biologie médicale. Notre mission de CNR est d’expertiser en deuxième intention les prélèvements transmis pour confirmer les diagnostics d’espèce difficile : cette étape est réalisée dès réception des prélèvements (les parasites s’altèrent après prélèvement dès 24h). Sur les prélèvements reçus « frais », la confirmation diagnostique est portée par observation microscopique des frottis sanguins et des gouttes épaisses colorés : ceci est très consommateur de temps et repose sur du personnel habilité après une formation longue d’environ 6 mois. Sur les prélèvements altérés ou reçus sur papier buvard, en cas de difficultés diagnostiques microscopiques, pour la confirmation des espèces non falciparum, et pour le diagnostic des associations d’espèces, des PCR diagnostiques sont réalisées. Cette expertise diagnostique est également disponible pour les laboratoires de biologie médicale non correspondants du CNR au titre des missions d’expertise des CNR.
  • Le développement et l’évaluation de nouvelles techniques de diagnostic (test de diagnostic rapide, biologie moléculaire).
  • Le phénotypage des isolats de P. falciparum de la région PACA, et des correspondants de Bordeaux, Toulouse, Montpellier, Aubenas et Lyon dont la viabilité et la charge parasitaire le justifient : la décision est prise après observation microscopique du frottis sanguin. Si les conditions sont remplies, la mise en culture des parasites est faite immédiatement. Ce phénotypage a pour but d’établir la sensibilité des parasites aux différents antipaludiques testés par la détermination des CI50 (concentration inhibitrice 50%).
  • L’étude des marqueurs moléculaires de résistance aux antipaludiques des isolats reçus. Les marqueurs étudiés sont fonction de la prophylaxie ou du traitement prescrit au patient afin d’évaluer le risque d’échec prophylactique ou thérapeutique éventuel, ou choisis afin d’apporter des éléments descriptifs de la prévalence des marqueurs d’intérêt dans la population plasmodiale étudiée : ces données permettent de compléter les cartes établies par les réseaux WWARN (WorldWide Antimalarial Resistance Network) ou OMS (Organisation Mondiale de la Santé) de prévalence en fonction de la région d’endémie considérée.
  • La cryoconservation des isolats.
  • Les dosages plasmatiques d’antipaludiques utilisés à visée prophylactique dans le cadre des missions du CNR de surveillance de l’efficacité prophylactique des traitements recommandés en France, sur l’ensemble des prélèvements transmis au CNR et les dosages plasmatiques d’antipaludiques utilisés à visée thérapeutique dans le cadre des missions du CNR de surveillance de l’efficacité thérapeutique des traitements recommandés en France. Ces dosages seront centralisés sur la plateforme de l’Unité de Toxicologie analytique de l’IRBA à Brétigny sur Orge.
  • L’identification, le développement et la validation de nouveaux marqueurs moléculaires de résistance avant leur mise en oeuvre en routine.
  • La surveillance du paludisme en zone d’endémie en relation avec les missions de terrain coordonnées par les autorités militaires.
  • L’évaluation entomologique des suspicions de paludisme autochtones.

Les envois sont à adressés à l'adresse :

Centre national de référence du paludisme
Unité Parasitologie et entomologie
Institut de recherche biomédicale des armées
IHU Méditerranée Infection
19-21 Bd Jean Moulin
13005 Marseille

Secrétariat

Horaires : 8h-18h

Tél : 04 13 73 22 31

Email : upe.irba@gmail.com ou bruno.pradines@gmail.com

À savoir

Le protocole de conditionnement et de transport des échantillons est décrit dans la fiche renseignement patient.
Sur demande, nous fournissons tout le matériel nécessaire au conditionnement et au transport des isolats.
Le transport peut être pris en charge par le laboratoire associé au CNR du paludisme par la société Ciblex.
Fiche renseignement patient